六月十七日，京城发生兵变，燕王朱棣率*攻陷都城，继承了帝位。铁铉带着年仅七岁的逊太子朱文奎出逃，被朱棣派的大批高手追捕。万般无奈之下，铁铉夫妇与谢晓峰合演了一场苦肉计，铁铉把太子的服装套在自己亲生儿子的身上，让谢晓峰杀死自己和儿子，以使敌人产生误解就此罢手，不再追捕太子。这幕惨剧被躲在芦苇中不明真相的铁铉之女铁真真看到，她发誓将来要为父母报仇。
铁铉无畏生死，舍生成仁，但谢晓峰从此却只能隐姓埋名，受尽屈辱，他为护主、为正义背上了不忠不孝不义的骂名，父亲不堪家门受辱，自尽身亡，临死前撒下江湖贴，请求天下众英雄诛灭谢晓峰；慕容秋荻已有了身孕，慕容世家深感耻辱，把慕容秋荻赶出家门，在浪荡中慕容秋荻生下一子，在老庄主的授意下，燕十三偷出婴儿，流放河中。慕容秋荻得知后悲痛欲绝。
谢晓峰有家不能回、有亲不能认，落魄乡间沦为酒*阿吉，终日以酒为伴。新生的婴儿被卖豆腐的丁财夫妇收养，他们为孩子起名叫丁小弟。后慕容秋荻嫁给锦衣卫指挥使纪纲，不久生下了女儿纪芙蓉。十多年后，纪芙蓉偶遇谢晓峰和丁小弟，纪芙蓉对丁小弟颇有好感，但所有人都不知道丁小弟和纪芙蓉竟是同母异父的亲兄妹。
十年磨一剑，铁真真终于练成一身绝技，重返中原后，唯一的心愿就是寻谢晓峰报仇。但在与谢晓峰的深入交往中使她渐渐明白了这世上还有比仇恨、比杀戮更重要的东西。丁小弟终于有了出人头地的机会，但他并不知道这些都是生身母亲慕容秋荻的刻意安排。纪纲由妒生恨，筹划了一场大阴谋，想把所有对手一网打尽。
谢晓峰本不想再介入江湖，但正义和良知促使他面对新的挑战。一场明争暗斗因此展开，几方势力经过较量终见分晓，最终正义战胜邪恶，良知唤回真情。燕十三和纪情结合。三少爷谢晓峰回归神剑山庄，丁小弟觉得母亲的死和父亲难脱关系，故虽与父亲相认，但离开。在武当山上，谢晓峰与燕十三笑谈往事，二人击掌约定要进行一场“真正”地比试，但他们知道剑术的精髓并不在于剑法的本身，而是在于人心善意的积累、人品道德的高尚。
正文
明朝太祖年间，神剑山庄由于为朝廷驱逐蒙古鞑子，助皇上登基有功，受到皇上赏赐“天下第一家”牌匾，因此引来另一武林世家不满，原来慕蓉世家亦也协助朝廷立功，不服神剑山庄坐上“天下第一家”位子，两大世家争持不下，终于发生冲突，幸好张三丰及时出面调解，才幸免酿成血战。最后达成协议，神剑山庄的谢玉孙和慕蓉世家的慕容正同意十八年后再让下一代后人进行决斗，胜者名正言顺成为天下第一武林世家。
秋荻与晓峰因一次误会邂逅，彼此心中种下了情愫，但因两家势不两立，二人只有开始秘密往来，感情越陷越深，越是担心东窗事发，会被双方家长迫逼分离。无计可施之下，秋荻提出要与谢晓峰私奔，谢晓峰光明磊落，要对秋荻明媒正娶，只身来到慕容世家，向慕容正提出求亲，慕容正震怒非常，将晓峰赶走，并不准秋荻与谢晓峰再见面。
秋荻在成亲前夕，三少爷谢晓峰竟然带着另一女子逃婚私奔，秋荻大受打击，柔肠寸断。谢玉孙痛斥次子——谢晓峰犯下的罪行，悲痛间广发武林帖，要天下英雄对谢晓峰诛杀毋论，最后谢玉孙更认为教子无方，罪孽深重，举剑自刎以谢天下。
道衍查悉铁铉尚有一双子女流亡在外，斩草除根，竟然大撒天罗地网，四处追杀镇上童男童女，真真带着太子沿途乞讨，遭到追捕，为难间，谢晓峰戴着*面具出现，救走两人，铁真真哀求*面人（谢晓峰）收她为徒，以便日后杀掉三少爷以报父母及弟弟之血海深仇。
纪钢心中一直对秋荻怀有染指之心，故意激将燕十三离去追杀谢晓峰，以便对秋荻进行一条诡谲*计。燕十三四处追查谢晓峰下落，发现不只慕蓉世家悬赏暗花欲杀谢晓峰以洗耻辱，京城亦也悬赏五千两*金欲将谢晓峰缉拿归案。顿时，武林人士掀起追杀谢晓峰的热潮，某日，燕十三得到消息，随着各门各派追捕谢晓峰，最后发现原来只是个假冒谢晓峰之小盗，原来，江湖中各绿林大盗，皆不惜假冒谢晓峰之名，四处犯案，因而导致谢更是恶名昭彰。
燕十三难以置信，纪纲找来红颜知己“沉鱼”为之做实验，燕十三终半满腹疑惑饮下纪纲的“离*神水”，果然眼中所见的沉鱼马上变成心中所深爱的秋荻。燕十三顿时心中更是痛苦，秋荻与谢晓峰发生关系于前，如今又被纪纲蒙骗，导致他不敢向秋荻道出纪纲冒充谢晓峰之秘密，故此，发誓一定要找到谢晓峰，将他打败，还秋荻小姐一个公道。
燕十三于江湖中寻找谢晓峰不获，回到京城，纪纲趁机要燕十三与众锦衣卫练剑，燕十三无意中露了一手夺命十三剑，纪纲便再次游说燕十三留下成为锦衣卫教头，燕十三直言拒绝，更一语道破自从秋荻获知纪纲假间谢晓峰后，已不再授于任何武林秘籍，故纪纲处心积虑的想透过锦衣卫之手，学得“夺命十三剑”绝技。
白家传人白天宇英年早逝，留下年轻貌美的妻子纪情，纪情运棺回京安葬，途中下塌义庄，盐帮三怪半夜欲盗棺劫取陪葬之物，看见纪情，惊为天人，欲对纪情轻薄，阿吉及时扮*吓走盐帮三怪，纪情对阿吉感激不已，隔天纪纲匆匆赶来义庄接应纪情，原来纪情就是锦衣卫指挥使纪纲之妹。
老苗子将谢晓峰带回一群挑粪工人所住的大杂院“快乐居”，苗大娘为人热心好客，见晓峰无家可归，便收留晓峰，晓峰住在快乐居中，见到众挑粪工人的感情融洽，心中似乎颇有感触。众挑粪工人提起老苗子与苗大娘的小郡主即将回来，众人皆兴奋地聊着。老苗子突然想起晓峰一人还在房卷，便把他叫出来与众挑粪工人见面，大家热情地欢迎谢晓峰的加入。
燕十三问纪情是否知道阿吉的真正身份，纪情不解，因她认识阿吉时，只知道他是叫阿吉，难道他还有别的身份，此时杀手找到阿吉，并与燕十三格杀一番，杀手问阿吉逃向何处了。
秋荻找到晓峰，要晓峰解释逃婚原因，晓峰无言以对，终选择无情掉头而走，秋荻激动间大受刺激，动了胎气，想起为了晓峰而受纪纲所骗，悲愤间将气发泄在腹中胎儿，纪情、纪纲及时冲入阻止，纪纲发现秋荻情绪激动，不由产生怀疑，向燕十三追问，终于获悉谢晓峰已经出现，纪纲扬言要杀谢晓峰，燕十三执意要让阿吉变回谢晓峰，进行决斗。
双雄冲破埋伏，却已是伤痕累累，晓峰认输，燕十三却执意这一战并不公平，定下十年之约再续一战。晓峰忍住追问儿子真相，燕十三终于讲出当日将谢与秋荻之儿子弃江边任其自生自灭，更告知晓峰曾为该子留下木刻「此生无悔」四字之匕首为据，并要谢晓峰先去找儿子。然后十年后，等谢晓峰解除了所有包袱，燕十三再和他决斗。
纪纲发现某大臣神秘带着家财失踪，震怒间，手下报告查到江湖中出现神秘组织，怀疑大臣的组织所住，得以顺利脱身。朱棣忧心铁铉旧部属叛变之心死灰复燃，言语间朱棣质疑纪纲不忠，纪纲急向朱棣承诺，定会早日查出*饷，清除余孽。沉鱼提醒纪纲，当年对朱棣第一个效忠的铁铉旧部属最可疑，令纪纲想起吏部尚书顾垣。
沉鱼与秋荻两人结拜，秋荻传授其武功。酒馆晓峰遭到丐帮和锦衣卫的伏击，谢晓峰重伤，逃到了一户人家，居然是老苗子的老家。小苗和阿强送晓峰去阿强的朋友家，为了躲避风险。但路上被锦衣卫发现，却发现草车里没有晓峰，得知中计。老苗子和苗大娘为了保守秘密，双双自尽，共赴*泉。
纪情感染风寒，燕十三宁抗*令，留下照顾纪情。两个人聊天，开始相互了解。纪纲来到天绝崖，发现*饷，正偷运时发现三怪，三怪为了保护谢晓峰，纪纲将其杀害。谢晓峰只来及救下独孤笑，不久，独孤笑也死了。
铁真真来到神剑山庄，发现已经荒芜，得知谢晓峰已经被燕十三杀害，心下迷茫。结果半夜遇到叫阿亮的太子行偷，被她骂走。真真在集市看到阿吉救人，心下疑惑。小弟和阿亮计划杀人被晓峰得知，看到小弟杀了人。
小弟回到*坊才知道丐帮已经霸占了*坊，他们要打小弟，被阿吉挡下。三人喝酒，“江湖寒，刀锋冷，人断肠。问世间江湖几许清醒，几许梦寒。”。结果被真真追上，阿吉感慨“小弟啊小弟，你惹得麻烦还真不少”。小弟被真真追杀，阿吉赶到，尚未救下他们，却被外出的芙蓉救下，带到白家。
最了解谢晓峰的却是燕十三，燕十三一再要晓峰向秋荻表明心意。慕容秋荻见了小弟，要芙蓉谨慎交友，被小弟反驳回去，秋荻目中有欣赏之意。小弟想去京城当差，还说烧*坊是受阿吉影响，以后要好好孝顺父母，阿吉很欣慰。
真真因接受不了*面叔叔就是谢晓峰的真相，离开了他们。晓峰与小弟一路，真真默默追随。想要杀了他后再自刎报恩报仇。晓峰正装出现，两人决斗，小弟在旁偷看，张三丰却又出现了，拦下了真真。于心无愧，不畏生死。
小弟和芙蓉相遇，芙蓉要介绍十三给他当师父。真真离开了他们，被晓峰遇到。晓峰已决定重返江湖，完成义兄的托付。纪情被俘，小弟发现，告知燕十三，燕十三追随如石洞，洞门紧闭，两人被困。迷糊中，沉鱼化作秋荻模样，斥责燕十三负了她，另寻了所爱即纪情。
阿亮的第一次表白失败了，芙蓉以为是小弟送给她的礼物。小弟练武练了一整晚，被芙蓉知道，两人吃饭时候相互谦让被阿亮看见。真真要和晓峰一起去找燕十三，被晓峰劝回。芙蓉和小弟告别，互诉衷肠，被阿亮看见。阿亮和小弟被录为锦衣卫，负责侦查燕十三和纪情的下落。
史将*正被伏杀，幸好燕十三和晓峰即使赶到救下了他，两人认出了移*大法。史将*被救，纪纲问燕十三是否为谢晓峰所救，燕十三否认了。晓峰来找小弟喝酒，小弟做了麻辣豆腐给他下酒，又要晓峰教他功夫。晓峰用豆腐刀交了小弟“救命一刀”。秋荻拆穿了纪纲的假受伤，纪纲和秋荻又大吵了一架。
谢晓峰要小弟放弃找铁真真报仇，而小弟不听劝。且劝小弟保重自己的性命。做人最重要的就是有意义，晓峰问小弟为什么不找亲生父母，而小弟却不愿，并恨他们。晓峰说出了他父母出身两大武林世家，是身不由己，而小弟不相信。小弟喝醉了，叫晓峰爹，晓峰感慨。纪纲来见天尊，要一睹其真容，喝下离*神水，却见到了由沉鱼假扮的天尊，他以为那是秋荻。
阿亮说他只记得自己13岁以后的事情，结果芙蓉找到妓院，生气打了小弟一巴掌，小弟生气又打了阿亮一巴掌。芙蓉回去找秋荻哭诉，秋荻庆幸她不喜欢小弟，纪情出来为小弟开脱，而秋荻说芙蓉一定不能和小弟在一起，她疑心秋荻已经知道小弟身世。一路上，晓峰照顾真真，真真初露对晓峰的情谊。芙蓉要父亲提升小弟，纪纲不肯，提到了郡主要来玩儿。
秋荻要见小弟，说是因为担心芙蓉，纪纲怀疑。来找沉鱼，沉鱼暗示小弟身份有问题。晓峰又来和真真辞行。秋荻看见了芊芊的奶妈，觉得面熟怀疑。小弟怀疑秋荻的来意，秋荻有悔意，想要弥补她的过失，却不敢与他相认。阿亮求真真去救小弟，但真真被抓，和小弟关在一起。奶娘送饭，真真觉得她的声音很熟悉。小弟和郡主继续吵架。
铁夫人苦劝真真不下。小弟要离开，怕芊芊要找自己回去，阿亮要跟他一起走。芊芊跟芙蓉说自己喜欢小弟，在逃亡路上遇到一群人侮辱谢晓峰，他硬出头，被谢晓峰救下。晓峰来到武当山，找到张三丰，他叫晓峰不要背负过去，也不要期盼未来，要真真切切的活在现在，如果是铁锤要分离敲击，如果是铁毡要稳若磐石。
张三丰说谁胜谁负不重要，而是月圆人残缺。铁夫人在给真真梳头时，点了真真的穴位。两人准时赴约，均不遗余力的出手。打斗中，沉鱼也出现了。真真悟出了夺命第十四剑，停剑指住晓峰，晓峰认输。
芙蓉带秋荻离开。纪情带燕十三去武当山，求张真人帮燕十三解*。郡主和小弟回来，纪纲求见郡主，却得知郡主已经很久没有见过皇上了。纪纲带小弟来找天尊，天尊封小弟为人尊，并让小弟看到了自己的面貌，告诉了自己是他的亲生母亲，却污蔑晓峰卖友求荣，小弟和秋荻相认。纪纲因为天尊的命令提拔小弟为副指挥使。
燕十三说在唐门死后，史将*暗示他天尊是秋荻。秋荻给燕十三解了*，燕十三更加怀疑秋荻就是天尊。被控制的道人叫纪情上山，却被秋荻逼下山崖。燕十三和纪情双双被逼下崖，“秋荻”撕掉面具，确是沉鱼！晓峰换回装扮，卸下了包袱，重新变回了神剑山庄的三少爷，决定为自己洗刷罪名，重振山庄。广发英雄帖。
小弟被天尊掳走，纪纲发现了阿亮。沉鱼假扮的天尊责备小弟不好好练功，不能称霸武林。小弟发现天尊有异，被天尊控制。纪纲带小弟来天牢。秋荻向芙蓉坦言当年的情况，却被纪纲在门外听见。纪纲向秋荻说皇上失踪了，试探秋荻。秋荻否认了自己的天尊身份，并说天尊已决定从江湖上消失。幽冥使者出现伏击纪纲，秋荻出手制止他们。
小弟同意陪芙蓉去神剑山庄。晓峰向真真说明，他是想让燕十三重拾斗志。阿亮拉小弟来到凌云寺，小弟敲钟，阿亮回忆起前事。决战当天，小弟来找到谢晓峰，谢晓峰坦言当日，小弟问他是否还爱秋荻，他说自己忘不了给秋荻的信，小弟明白了他的心意。
天尊对小弟施下法术，果然是沉鱼假扮的秋荻。真真经历了这一切，更加成熟。她梦里遇到晓峰，而惊醒后，得知谢晓峰的遗体不见了。纪纲得知晓峰的死讯，芙蓉想要闭关，秋荻劝她不好的结局的感情，就尽快忘掉的好。纪纲发现阿亮就是太子。秋荻发现沉鱼在假冒天尊，恰在此时，燕十三带来了谢晓峰的遗体，沉鱼趁乱逃走。
小弟说秋荻对晓峰用了勾*术。秋荻说了自己的憧憬，还希望燕十三能够查清武当山的事情。燕十三和纪情离开神剑山庄。而后，燕十三去而复返。沉鱼假扮天尊想让小弟和芊芊成亲，并让小弟做皇帝。纪纲找到沉鱼，透漏了阿亮是王牌。
皇上说纪纲是内贼，贪污*饷，和天尊勾结。纪纲拒不承认。天尊出现，而念念有词，皇上却没有被控制。燕十三和真真突然赶到，说他们找到了勾*术的破解办法。纪纲命令下，阿亮却突然对小弟出手。纪纲终于决定谋反，并说出阿亮的逊太子身份。关键时刻，晓峰出现，而沉鱼说他是天尊最厉害的天尊使者。